柑橘喜土層深厚、有機質含量豐富、透氣性良好的微酸性壤質土壤。當土壤條件不適宜時，則會有不同程度的損害根系，逐漸出現植株樹冠葉片失去光澤，變黃，葉脈干枯并且呈黃色或金黃色等癥狀。

需要結合引起根系損傷的具體原因進行針對性防治，主要有：

(1)加強栽培管理，園區深挖排水溝，降低田間水位，雨后及時排除積水。

(2)增施有機質肥料，薄肥多施；施用化肥時少量多次，樹冠滴水線下開長溝施用，避免肥料堆積。

(3)根據樹齡適當定產，適度環割保果，適當疏果，保證樹勢壯旺，根系有足夠營養。

(4)發現若是由于微生物導致根腐時(爛根可以聞到臭味)，可以用惡霉靈、敵克松、甲霜靈等殺菌劑灌根。

造成柑橘根系損傷的因素眾多：1、管理不當。橘樹掛果過多，糖和氨基酸類等光合產物營養多輸送到幼果，根系缺乏營養。根系餓死繼而腐爛，致使柑橘由青綠轉而衰弱黃化，加劇爛根。一般毛細根、小根先腐爛。2、果園排水不暢。土壤板結或者土壤積水過多，造成根系缺氧漚爛。3、肥害藥害。施用化肥過多，或局部積累過多，或施用未腐熟有機肥，或使用腐熟有機肥濃度過高，或除草劑施用過多等，引起肥害、藥害造成燒根、爛根。4、環割過度。對弱樹環割或環割過度，影響營養回流，造成根饑餓。5、過度修剪。對枝干進行重修剪，相對稱的根系生長亦會受到影響。6、微生物致病。土壤中的疫霉菌、腐霉菌、鐮孢菌、蜜環菌、杯傘菌、根串珠霉菌、多主瘤梗孢菌等易侵染根系，造成爛根。通常腐爛由樹頭附近的主根開始，根系縱向裂口腐爛，木質部變黑。7、根結線蟲為害。8、蟲害為害。星天牛、一點蝙蛾等蛀干害蟲為害，破壞木質部或韌皮部，造成營養輸送受阻。根系缺營養而爛根，植株葉脈黃化，后期整株葉片變黃。毛細根、小根先腐爛。9、黃龍病危害。柑桔黃龍病病原在韌皮部篩管細胞里繁殖，病原在枝梢韌皮部大量繁殖，繼而堵塞篩管。植株向下運輸養分功能降低，光合產物到達根系量少，根系饑餓，后期根系會大量死亡。根系腐爛后于植株葉片變黃。植株表現有均勻黃化、斑駁黃化、紅鼻子果等癥狀。