病斑可發生在果面的任何部位，初期病斑圓形、淡褐色。病部不斷擴展，迅速蔓延至全果，呈褐色水漬狀，變軟腐爛，有腐臭味，受害果實很快脫落，高溫高濕時，病部表面生出稀疏的白色菌絲，即病原菌的子實體。在果園中，病菌為害柑橘主干基部，導致皮層腐爛，稱“腳腐病”。

(1)農業措施：加強栽培管理，保持果園通透性良好；避免果園積水，平衡偏施肥；豐產果園，及時撐起下垂到地面的果實，避免土壤中的病菌經雨水擊濺到枝葉和果實上，引起發病。冬季采果后，結合修剪清潔地面的枯枝殘葉，集中燒毀，并噴殺菌劑。

(2)化學防治：每年9月上旬應預先噴殺菌劑，藥劑可選擇70％甲基硫菌靈可濕性粉劑800倍液，57.6%氫氧化銅干粒劑1000倍液，20％噻菌銅懸浮劑500倍液等，以保護柑橘果實。

病菌以菌絲體和厚垣孢子在病組織和土壤中越冬。次年氣溫升高，雨量增多時開始活動，孢子囊釋放游動孢子，隨雨水飛濺到近地面的果實上侵入為害，導致果實發病。水源充足的果園，灌溉水常起傳播孢子的作用。發生澇害、果園低洼、排水不良、土壤黏重，可加重病情；氣溫高、悶熱并暴雨或連續2、3天下雨即可發病；通透性差或特別豐產、果實披垂堆疊的植株和果園，原來腳腐病發生嚴重的果園，極易發生；偏施氮肥的果園發病重；地窖貯藏庫發病重。9月中旬至10月是發病高峰期。