僅在穗部發生。病菌侵入谷粒后，在穎殼內形成菌絲塊，破壞病粒內部組織后，菌絲塊逐漸增大，先從內、外穎殼合縫處露出淡黃綠色塊狀的孢子座，后轉變成墨綠色或橄欖色，包裹穎殼，近球形，體積可達健粒數倍。發病后期，有的孢子座兩側可生2-4粒黑色、稍偏平、硬質的菌核。菌核易脫落在田間越冬。
(1)農業防治：
①選用抗病品種。
②避免病田留種，深耕翻埋菌核。發病時摘除并銷毀病粒。
③改進施肥技術，基肥要足，慎用穗肥，采用配方施肥。淺水勤灌，后期見干見濕。
(2)藥劑防治：在始穗前5-7天畝用三唑酮乳油100毫升/畝，噴霧；或75%肟菌·戊唑醇水分散粒劑13-15毫升/畝，噴霧。29%戊唑·嘧菌酯懸浮劑30-40毫升/畝，兌水30公斤噴霧。
主要侵染源是落在田間的稻曲球和稻曲球厚垣孢子。稻曲球和厚垣孢子在稻田土中越冬，存活期可達5年以上。翌年，在水稻孕穗初期至齊穗期萌發，侵染稻穗造成發病。
(1)品種因素。抽穗晚、梗粒數多、抽穗慢、抽穗期長的品種，發病重。
(2)氣候因素：抽穗揚花時遇多雨、低溫，特別是連陰雨天氣，發生重。
(3)栽培因素。偏施氮肥，穗肥用量過多，田間郁蔽嚴重，通風透光差，相對濕度高，發病重。淹水、串灌漫灌是導致稻曲病傳播的重要原因。
